Респираторный госпиталь был развернут в срочном порядке в связи с эпидемиологической ситуацией 3 апреля 2020 года на базе стационара «Медико-санитарной части № 2» для лечения больных с новой коронавирусной инфекцией, который стал центральным в Томской области.

Госпиталь в круглосуточном режиме оказывал медицинскую помощь пациентам как с подозрением, так и с подтверждённым результатом ПЦР на новую коронавирусную инфекцию (COVID 19): средне-тяжёлой, тяжёлой и крайне тяжёлой степени тяжести, а также с коморбидной, сочетанной, хирургической и урологической патологии взрослым пациентам.

10 ноября 2022 года - последний день работы респираторного госпиталя.
Благодаря вакцинации и выработанного общего иммунитета населения во второй половине 2022 года фиксировался спад заболеваемости. Люди продолжали болеть вирусом, но в легкой форме, лечение проходила амбулаторно, без осложнений.

Максимальное количество коек достигало 395, из них 85 находились в отделении анестезиологии-реанимации.

В периоды подъема заболеваемости количество обращений в приемный покой достигало 500, а поликлиническое отделение справлялось с колоссальной нагрузкой − до 2000 пациентов за сутки. Следует обратить особое внимание, что вне зависимости от количества обращений, каждый пациент, обратившийся в Медико-санитарную часть № 2, получает квалифицированную медицинскую помощь. Основным приоритетным направлением своей работы сотрудники учреждения считают индивидуальный персонифицированный подход к каждому пациенту.  

Респираторный госпиталь оснащен всем необходимым современным оборудованием для оказания медицинской помощи пациентам с новой коронавирусной инфекцией (Covid-19).   Это современная аппаратура для проведения искусственной и неинвазивной вентиляции легких, с помощью которой была внедрена высокопоточная кислородная терапия; аппаратура для проведения заместительной почечной недостаточности; новейшая эндоскопическая аппаратура; мультиспиральный компьютерный томограф; автоматическая система для перекладывания маломобильных пациентов.
Систематически в работу респираторного госпиталя с учетом Временных клинических рекомендаций внедряются обновленные схемы диагностики и лечения новой коронавирусной инфекции (Covid-19).

Отделения хирургии и урологии стационара продолжили свою работу, оказывая многопрофильную, специализированную хирургическую помощь пациентам с новой коронавирусной инфекцией (Covid-19).

Дополнительно были развернуты акушерско-гинекологические койки для оказания специализированной медицинской помощи пациенткам с подтвержденным диагнозом.

Здание стационара детской инфекции тоже стало частью респираторного госпиталя. В 2021 году начали болеть дети, после чего на базе детского стационара было развернуто инфекционное отделение для лечения детей с верифицированным Covid-19. В отделении разрешалось маленьким пациентам находиться совместно с родителями, которые также получали лечение и находились под наблюдением специалистов.

В период пандемии новой коронавирусной инфекции (Covid-19) огромная нагрузка легла и на амбулаторные подразделения учреждения. Это ежедневно сотни вызовов на дом, огромные очереди на прием, стала ощутимой нехватка специалистов, в десятки раз увеличилась потребность в выдаче больничных листов и рецептов. В этот период была организована работа респираторных бригад, открыты дополнительные пункты вакцинации, организована централизованная доставка лекарственных препаратов на дом. К работе были дополнительно подключены волонтеры, студенты СибГМУ и ТБМК. В сложных условиях коллектив учреждения увеличился, пришли на помощь новые сотрудники. В это непростое время общими усилиями дружного коллектива Медико-санитарной части № 2 удалось выстроить слаженную и согласованную работу всего учреждения. 

В 2021 году губернатором томской области было принято решение о выделении денежных средств на проектно-сметную документацию для дальнейшего капитального ремонта стационара Медико-санитарной части № 2. На протяжении 50 лет именно здесь проходило лечение как взрослых пациентов так и детей, проходили сложные операции, в том числе по урологии. Ремонт вдохнёт новую жизнь в стены учреждения, привлечёт новых специалистов, а пациентам будет комфортно находится на лечении в стационаре